Chào anh chị em cộng đồng,
Thời gian gần đây, có một chủ đề đang rất “nóng” và gây đau đầu cho nhiều doanh nghiệp kinh doanh phân phối: Khó khăn trong việc hoàn lại số tiền thuế GTGT đã nộp cho hàng hóa nhập khẩu nhưng sau đó phải xuất trả lại chủ hàng nước ngoài.
Dựa trên một số hồ sơ thực tế và các công văn hướng dẫn mới nhất từ Cục Hải quan, mình xin tổng hợp lại tình hình để anh em cùng nắm bắt rủi ro và thảo luận giải pháp.
1. “Cú sốc” pháp lý từ Luật Thuế GTGT số 48/2024/QH15
Từ ngày 01/07/2025, Luật Thuế GTGT số 48/2024/QH15 chính thức có hiệu lực thi hành. Điểm thay đổi lớn nhất đánh trực tiếp vào dòng tiền của doanh nghiệp nằm ở điểm a khoản 1 Điều 15.
Cụ thể, quy định mới nêu rõ cơ sở kinh doanh có hàng hóa xuất khẩu sẽ được hoàn thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên, TRỪ trường hợp hàng hoá nhập khẩu sau đó xuất khẩu sang nước khác.
Quy định này cũng được hướng dẫn chi tiết tại khoản 1 Điều 29 Nghị định số 181/2025/NĐ-CP. Để làm rõ việc áp dụng, ngày 30/12/2025, Cục Hải quan đã ban hành Công văn số 45806/CHQ-NVTHQ chốt lại nguyên tắc:
• Trước ngày 01/07/2025: Tiếp tục thực hiện hoàn thuế nộp thừa theo hướng dẫn cũ tại Công văn số 1453/TCHQ-TXNK năm 2019.
• Từ ngày 01/07/2025: Trường hợp hàng hóa nhập khẩu sau đó xuất trả lại chủ hàng nước ngoài đăng ký tờ khai xuất khẩu từ mốc thời gian này sẽ không được hoàn thuế GTGT nộp thừa.
2. Tiếng kêu cứu từ thực tế doanh nghiệp
Việc đột ngột đóng cửa cơ chế hoàn thuế này đã tạo ra vướng mắc lớn cho nhiều đơn vị, điển hình qua hai “case study” sau:
Trường hợp 1: Công ty CP Pymerpharco - Vướng mắc do giai đoạn chuyển giao
• Doanh nghiệp nhập khẩu nguyên liệu sản xuất năm 2023 và đã nộp thuế GTGT hơn 331 triệu đồng.
• Đến cuối năm 2023, công ty làm thủ tục xuất trả lại hàng cho chủ nước ngoài nhưng chưa thực hiện khấu trừ thuế với cơ quan thuế nội địa.
• Dù tờ khai phát sinh trong giai đoạn Luật cũ (Luật số 13/2008/QH12) còn hiệu lực, nhưng việc đề nghị hoàn thuế lại diễn ra khi Luật mới (48/2024/QH15) đã áp dụng, khiến Chi cục Hải quan khu vực XIV bối rối và phải làm công văn (số 1136/HQKV14-NV) xin ý kiến cấp trên.
Trường hợp 2: Công ty TNHH Richemont Luxury (Việt Nam) - Khủng hoảng dòng tiền vì đặc thù ngành
• Richemont là doanh nghiệp phân phối hàng xa xỉ (nước hoa, mỹ phẩm, trang sức, đồng hồ…) có giá trị cao, bị ảnh hưởng mạnh bởi yếu tố mùa vụ và vòng đời sản phẩm ngắn. Việc trả lại hàng tồn/không đạt doanh số cho nhà cung cấp là điều khoản mặc định trong hợp đồng mua bán.
• Doanh nghiệp cho rằng cơ quan quản lý đang nhầm lẫn giữa hai cơ chế: (1) Hoàn thuế GTGT đối với hàng xuất khẩu theo Luật Thuế GTGT, và (2) Hoàn trả số tiền thuế nộp thừa theo quy định tại Điều 60 Luật Quản lý thuế.
• Richemont lập luận rằng số thuế GTGT họ đã nộp ở khâu nhập khẩu cho lô hàng phải tái xuất cần được xem là “tiền thuế nộp thừa” theo Luật Quản lý thuế (vì hàng không thực tế tiêu thụ tại VN), giống như tiền lệ xử lý trước đây của ngành Hải quan.
• Hệ quả của Công văn 45806 là các Chi cục Hải quan đã dừng xét duyệt hoàn thuế, tạo ra gánh nặng tài chính lớn. Doanh nghiệp thậm chí phải gửi công văn (số 01-VAT Refund ngày 09/04/2026) kiến nghị: Nếu không được hoàn trả thuế nộp thừa, liệu họ có được tiếp tục kê khai khấu trừ số tiền thuế này sau khi hàng đã xuất khẩu hay không?.
3. Động thái “cứng rắn” từ cơ quan Hải quan
Dù doanh nghiệp có giải trình chi tiết về luật, cơ quan Hải quan dường như vẫn giữ nguyên lập trường.
Vào ngày 14/05/2026, Cục Hải quan đã ban hành Công văn số 16266/CHQ-NVTHQ trả lời trực tiếp về vướng mắc của công ty Richemont Luxury. Nội dung công văn chỉ đạo các Chi cục Hải quan khu vực I và II tiếp tục căn cứ vào Công văn số 45806/CHQ-NVTHQ để rà soát và xử lý theo đúng quy định pháp luật.
Tóm lại: Lối thoát cho việc lấy lại số tiền thuế GTGT đã nộp ở khâu nhập khẩu khi phải xuất trả hàng từ sau tháng 7/2025 hiện đang bị bịt kín bởi các văn bản hướng dẫn hiện hành.
Anh chị em có ai đang gặp phải tình trạng tương tự không? Mọi người đang xử lý số thuế này như thế nào (đưa vào chi phí, hay vẫn cố gắng giải trình để khấu trừ)? Cùng thảo luận bên dưới nhé!