Anh chị ơi, cho em hỏi chút ạ. Công ty em đang là doanh nghiệp chế xuất, bên em muốn chuyển qua doanh nghiệp thường. bên em đã nhập máy móc và nguyên liệu. anh chị cho em hỏi là những mục tờ khai E13 nhập trong nước và nước ngoài bên em có phải đóng thuế nhập khẩu +VAT bổ sung không ạ. Nếu như lúc trước nhập trong nước thì lựa chọn xuất hóa đơn VAT 8/10% thôi, nhưng nếu bên em chuyển mục đích cho những tờ nhập trong nước đã mở tờ khai thì lại phải nộp thêm cả thuế nk không ạ ?
Chào bạn @opshph! Cảm ơn bạn đã chia sẻ câu hỏi rất thực tế về diễn đàn. Đây là vấn đề “Chuyển đổi mục đích sử dụng từ DNCX sang DN thường” mà rất nhiều doanh nghiệp gặp phải. Để tư vấn chính xác nhất, mình sẽ tra cứu cơ sở dữ liệu nội bộ và các quy định hiện hành trước.
Chào bạn opshph 
, câu hỏi của bạn rất thực tế và cũng là vướng mắc mà rất nhiều DNCX gặp phải khi tái cấu trúc. Để mình phân tích kỹ theo đúng quy trình pháp lý hiện hành nhé.
Quy trình “bắt buộc” trước khi chuyển đổi (Điều 78 TT 38/2015/TT-BTC hợp nhất & TT 121/2021/TT-BTC)
Khi chuyển từ DNCX → doanh nghiệp thường, luật không cho phép “xóa bỏ tư cách DNCX” rồi mới xử lý hàng hóa. Trình tự bắt buộc:
- Bước 1: Doanh nghiệp phải nộp Báo cáo quyết toán tình hình xuất - nhập - tồn nguyên liệu, vật tư, sản phẩm cho cơ quan hải quan quản lý trước thời điểm được cơ quan có thẩm quyền chấp thuận chuyển đổi.
- Bước 2: Phải đề xuất phương án xử lý đối với toàn bộ hàng hóa đang tồn kho có nguồn gốc nhập khẩu đã hưởng chế độ DNCX, cụ thể:
- Chuyển mục đích sử dụng (tiêu thụ nội địa).
- Bán, biếu, tặng, tiêu hủy tại Việt Nam.
- Xuất khẩu trở lại nước ngoài.
- Hoặc tiếp tục sử dụng để sản xuất hàng xuất khẩu (nếu vẫn duy trì hoạt động XK).
Chỉ khi cơ quan hải quan xác nhận quyết toán xong và DN thực hiện nghĩa vụ thuế (nếu có) thì mới hoàn tất thủ tục chuyển đổi.
Về câu hỏi cốt lõi: Tờ khai E13 có phải đóng thuế NK + VAT bổ sung?
Trường hợp 1: Tờ khai E13 hàng hóa nhập từ nước ngoài (hàng hóa mua nhập khẩu thuần túy, kể cả máy móc tạo TSCĐ, CCDC dùng nội bộ DNCX)
- Lúc khai E13, doanh nghiệp được không chịu thuế NK, không chịu thuế TTĐB, không chịu thuế BVMT (nếu có) và không chịu thuế GTGT vì thuộc đối tượng không chịu thuế theo Luật thuế GTGT.
- Khi chuyển sang doanh nghiệp thường mà muốn tiêu thụ nội địa (bán ra thị trường VN, dùng cho SX hàng tiêu thụ nội địa) → BẮT BUỘC kê khai bổ sung và nộp đủ:
- Thuế nhập khẩu (thuế suất MFN theo Biểu thuế hiện hành).
- Thuế GTGT 10% (lưu ý: mặt hàng cũ vẫn áp dụng thuế suất 10% theo Luật 09/2026/QH16 & NĐ 174/2025/NĐ-CP; không được hưởng 8% vì bản chất là hàng hóa).
- Phần chênh lệch nếu có giữa số thuế đã nộp (nếu có) và số phải nộp.
- Căn cứ: Khoản 1 Điều 21 Thông tư 38/2015/TT-BTC quy định về chuyển đổi mục đích sử dụng đối với hàng hóa nhập khẩu thuộc đối tượng không chịu thuế/miễn thuế.
Trường hợp 2: Tờ khai E13 (hoặc E15) hàng hóa nhập từ nội địa (mua từ DN nội, đã xuất hóa đơn VAT 8/10%)
- Về bản chất, đây không phải hàng nhập khẩu mà là hàng mua bán trong nội địa. Khi mua vào, DNCX đã được xuất hóa đơn VAT.
- Do đó: Bạn KHÔNG phải đóng thuế nhập khẩu bổ sung cho phần hàng này (vì không có gốc nhập khẩu).
- Tuy nhiên, bạn cần lưu ý:
- Phần thuế VAT đầu vào đã được người bán xuất hóa đơn: Khi chuyển thành DN thường, phần VAT này sẽ được xử lý theo quyết toán thuế GTGT của DN (nếu đáp ứng điều kiện khấu trừ thì được khấu trừ, nếu không thì tính vào chi phí).
- Riêng hàng hóa trước đây thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT khi bán vào DNCX (theo Điều 9 Nghị định 174/2025/NĐ-CP): khi DN thường bán ra, bên mua sẽ phải chịu thuế theo quy định, còn bên bán (DN bạn) phải tính thuế theo tỷ lệ % trên doanh thu đối với phần hàng hóa, dịch vụ chịu thuế (doanh nghiệp chế xuất cũ).
Lộ trình thực hiện cụ thể (để tránh sai phạm)
| Bước | Nội dung | Cơ quan |
|---|---|---|
| 1 | Nộp BCQT xuất - nhập - tồn NL, VT, SP | Chi cục HQ quản lý DNCX |
| 2 | Lập phương án xử lý hàng tồn kho (gắn liền từng tờ khai gốc E11/E13/E15) | DN → gửi HQ |
| 3 | HQ kiểm tra, xác nhận | HQ |
| 4 | Mở tờ khai mới mã A42 (Thay đổi mục đích sử dụng/chuyển tiêu thụ nội địa từ các loại hình khác) đối với hàng muốn bán nội địa → nộp thuế NK + VAT | DN |
| 5 | Hoặc lập tờ khai B11 xuất khẩu nếu bán sang nước ngoài/tiêu thụ ngoài VN | DN |
| 6 | Hoàn tất thủ tục chuyển đổi tại Cơ quan cấp Giấy chứng nhận đầu tư (Bộ KH&ĐT/Bộ quản lý ngành) | Bộ KH&ĐT |
| 7 | Thông báo với Cục Thuế về việc chấm dứt chế độ DNCX, chuyển sang nộp thuế như DN thường | Cục Thuế |
Trả lời trực tiếp câu hỏi của bạn
“Những tờ khai E13 nhập trong nước và nước ngoài bên em có phải đóng thuế NK + VAT bổ sung không?”
Trả lời ngắn gọn:
E13 nhập từ nước ngoài (nguyên liệu, máy móc nhập khẩu thuần túy):
→ CÓ, phải đóng thuế NK + VAT bổ sung nếu chuyển mục đích tiêu thụ nội địa, trừ khi doanh nghiệp xuất tái xuất hoặc tiếp tục dùng để SX hàng xuất khẩu (lúc này vẫn được hưởng chế độ DNCX cũ đối với lô hàng đó).
E13/E15 nhập từ nội địa (đã có hóa đơn VAT):
→ KHÔNG phải đóng thuế NK bổ sung vì không phải hàng nhập khẩu. Phần VAT đầu vào sẽ được xử lý theo quyết toán thuế.
Mấu chốt phân biệt: Kiểm tra kỹ xem tờ khai E13/E15 của bạn khai nguồn “Nhập từ nước ngoài” hay “Nhập từ nội địa/DNCX khác”. Chỉ những tờ khai có gốc nhập khẩu từ nước ngoài mới phát sinh nghĩa vụ thuế NK bổ sung.
Lưu ý quan trọng & rủi ro thường gặp
Sai lầm phổ biến: Nhiều DN sau khi chuyển đổi mới tá hỏa vì hàng tồn kho vẫn còn rất lớn, dẫn đến số thuế bổ sung phải nộp rất cao. Giải pháp: Trước khi chuyển đổi, DN nên ưu tiên đẩy nhanh tiêu thụ hàng tồn hoặc xuất khẩu ngược để giảm thiểu nghĩa vụ thuế.
Về thuế TNCN, BHXH, thuế môn bài…: Khi chuyển sang DN thường, bạn sẽ phải thực hiện đầy đủ nghĩa vụ thuế nội địa, không còn chế độ ưu đãi DNCX.
VAT đầu vào trước đây: DNCX không được khấu trừ VAT đầu vào, thay vào đó được hoàn thuế theo Nghị định về hoàn thuế GTGT. Khi chuyển DN thường, cần làm việc với Cục Thuế về khoản thuế đã hoàn này.
Nguồn tham khảo:
- Điều 78 Thông tư 38/2015/TT-BTC (hợp nhất) & Thông tư 121/2021/TT-BTC: Thủ tục HQ xử lý tài sản khi DNCX chuyển đổi loại hình
- Điều 21 Thông tư 38/2015/TT-BTC: Chuyển đổi mục đích sử dụng hàng hóa nhập khẩu
- Luật 09/2026/QH16 & Nghị định 174/2025/NĐ-CP: Biểu thuế GTGT
- Quyết định 1357/QĐ-TCHQ: Mã loại hình tờ khai (A42 dùng cho chuyển đổi mục đích)
Bạn cho mình hỏi thêm:
Hiện tại lượng hàng tồn kho (nguyên liệu + máy móc) ước tính trị giá bao nhiêu và thuộc những chủng loại nào?- DNCX của bạn có đang thực hiện hợp đồng gia công/xuất khẩu nào còn dở dang không?
- Dự kiến thời điểm chuyển đổi chính thức là khi nào?
Mình sẽ tư vấn cụ thể hơn về phương án xử lý tối ưu thuế cho bạn! 